(一)区分接送不合格兵员罪与非罪的界限
这里主要应注意接送不合格兵员罪与征兵工作人员工作失误的界限。如果行为人主观上不是明知，而是由于其业务知识、经验不足，或者是调查研究不够充分，工作作风不够深入，思想方法简单片面造成认识偏颇而发生的错误行为，即使造成一定危害后果的，一般也不构成犯罪，如果情节严重或者造成重大后果而构成其他犯罪的，应以其他相应犯罪论处。
(二)一罪与数罪的界限
1、在征兵过程中，如果行为人的行贿或者受贿行为构成犯罪，而接送不合格兵员的行为尚未达到情节严重的程度，应按行贿罪或者受贿罪定罪处罚;如果行贿或者受贿行为不构成犯罪，但接送不合格兵员情节严重，构成犯罪的，则应以接送不合格兵员罪定罪，从重处罚。如果两种行为都构成犯罪，则应按照牵连犯的处罚原则，择一重罪处罚，不实行数罪并罚。
2、行为人在实施本罪的徇私舞弊行为中，可能伪造、变造、买卖公文、证件、印章，此时又会触犯他罪，对之应当按照牵连犯的处罚原则择一重罪而从重论处