认定本罪时，应注意区分本罪与非法转让、倒卖土地使用权罪和非法低价出让国有土地使用权罪的界限。这三种犯罪的对象都涉及到房地产，在定罪上可能发生混淆，应注意正确区分其界限。其主要区别是：
1、犯罪侵害的客体不同。擅自出卖、转让军队房地产罪侵害的是军队房地产的管理秩序，非法转让、倒卖土地使用权罪侵害的是国有土地管理秩序，非法低价出让国有土地使用权罪侵害的是国有土地管理秩序。
2、犯罪的客观方面不同。擅自出卖、转让军队房地产罪的对象是军队的房地产，表现为出卖、转让军队房地产的产权关系，非法转让、倒卖土地使用权罪的对象是一般土地，表现为转让、倒卖这些土地的使用权，非法低价出让国有土地使用权罪的对象是国有土地，表现为将这些国有土地非法低价出让。
3、犯罪主体不同。擅自出卖、转让军队房地产罪的主体是军人，非法转让、倒卖土地使用权罪的主体是一般公民，而非法低价出让国有土地使用权罪的主体是国家机关工作人员。