划清本罪与非罪的界限
背信运用受托财产达到情节严重的程度，如使客户财产损失重大、金融秩序混乱、多次擅自运用受托财产、曾受行政处罚而又擅自运用客户财产的等，构成本罪;未达严重程度，则不成立犯罪。
主要是犯罪主体的不同，后二罪由自然人构成;而本罪仅限金融机构，个人不能构成犯罪。
划清与非法吸收公众存款罪、非法经营罪的界限
本罪仅限法定的商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货经纪公司、保险公司或者经国家有关主管部门批准、有资格开展委托理财业务的金融机构，除此之外的其他单位未经批准，非法开展证券投资、期货投资等委托理财业务，并擅自运用客户财产的不成立本罪，而应视具体情况以非法吸收公众存款罪或者非法经营罪论处。